El CNCFS tiene como objetivo sembrar el desarrollo del sector de los frutos secos en Portugal mediante la definición de programas y acciones de desarrollo a través de actividades conjuntas para contribuir a la promoción del sector y promover la ventaja competitiva de la línea de los frutos secos. Entre ellos se encuentran: la castaña, la almendra, la nuez, la avellana y la algarroba a través del fortalecimiento de la investigación, la promoción de la innovación y también con la transferencia y difusión de conocimientos.